Le fait que tu aies eu une boule de sphaigne au milieu de tes racines est certainement, je pense, la cause du pourrissement de tes racines au coeur de ta plante. Et du coup, ta plante a souffert du manque de racines saines pour s'épanouir convenablement (mauvais développement, feuilles vilaines...).
Moi ce que j'aurais fait lors du rempotage, c'est de bien supprimer toutes les racines atteintes de pourriture, voire même couper un peu plus en amont des racines, dans la partie saine, afin d'être sûr que la pourriture cesse d'évoluer. J'y aurais même probablement mis un peu de cannelle en poudre pour cautériser, même si certains disent que la cannelle au niveau des racines ralentit leur développement, ce dont je ne suis pas très convaincu, puisque l'ayant fait sur un Brassidium, je m'aperçois que les racines grouillent littéralement dans leur substrat.
Ensuite rempotage dans de l'écorce de granulométrie standard et surtout, surtout pas d'arrosage avant une huitaine de jours, afin d'éviter de re-pourrir le bidule !!! Juste de simples vaporisations en surface, pour prévenir du dessèchement de la plante et garder un peu d'hygrométrie là-dedans. Pas d'engraissage non-plus, avant une bonne quinzaine de jours après le rempotage.
Enfin, pour finir, si tu vois des pseudobulbles qui semblent se flétrir, ce n'est pas forcément qu'ils sont en train de mourir, cela fait partie du cycle de leur vie et quand-bien même il paraissent malade, ils sont bien actifs au contraire, même lorsqu'ils n'ont plus de feuilles, ils servent encore de réserve pour le reste de ton orchidée. C'est valable pour toutes les orchidées fonctionnant comme la tienne. Je suis passé par là également et j'ai eu les mêmes craintes que toi, mais au final, le flétrissement devient un rituel de la plante auquel je ne prête plus d'attention craintive, désormais.
Ce qui serait vraiment rassurant pour toi, ce serait qu'il y ait de nouvelles racines en formation, ça aide pour le moral ! 
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